上海交通大学医学院地处上海市中心繁华地区，前身是上海第二医科大学。原上海第二医科大学由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。1997年学校通过了“211工程”正式立项，是国家重点建设的“211工程”大学之一。2005年7月18日，上海交通大学上海第二医科大学合并，新的上海交大医学院成立，崭新的上海交大医学院由教育部、上海市政府继续重点共建。
学院现有教职医护员工22253人，其中具有高级职称的在职人员2474名；中国科学院院士1人，中国工程院院士10人，国家“973”项目首席科学家4人（6项），长江学者计划特聘教授6人；长江学者计划讲座教授4人；获国家劳动人事部授予有突出贡献中青年科技专家称号的10人；国家“杰出专业技术人才”2人，国家杰出青年基金获得者16人，教育部“跨世纪人才计划”16人，卫生部“有突出贡献中青年专家”11人，享受国务院颁发的政府特殊津贴295人。1人获首届“上海市教育功臣”称号,3人获“上海市科技精英”称号，1人获世界十大杰出女科学家提名奖。博士生导师332人，硕士生导师732人；200人次在国际学术机构及国内一、二级学术团体内担任要职。
学院现有国家重点学科（三级）14个，上海市重点学科18个（其中“重中之重”学科2个），上海市教委重点学科23个，上海市医学领先专业重点学科9个，上海市临床医学中心15个。有国家重点实验室2个，教育部重点实验室2个，卫生部重点实验室5个，上海市重点实验室13个，世界卫生组织（WHO）合作中心3个，上海市级研究所22个；11个学科列入“211工程”重点建设学科。
学院现有7所综合性附属医院，5所专科性附属医院。其中附属瑞金医院、仁济医院、新华医院、第九人民医院、市第一人民医院、市第六人民医院、市儿童医院、市胸科医院、市精神卫生中心、中国福利会国际和平妇幼保健院为三级甲等医院。共有核定床位12404张，2008年度门急诊总量为1657.84万人次，收治住院病人40.58万人次，住院手术病人20.32万人次。
学院现有基础医学院、临床医学院、口腔医学院、公共卫生学院、护理学院和检验系、营养系、生物医学工程系、药学系等15个二级学院（系），7所综合性附属医院及5所专科性附属医院，15所教学医院及教学中心。有临床医学八年制硕博连读专业、八年一贯制硕博连读临床医学专业和七年一贯制口腔专业及临床医学、口腔医学、预防医学、医学检验、护理学、生物医学工程、公共事业管理、营养学、药学等本科专业。有博士后流动站4个，一级学科博士点5个，二级学科博士点47个，二级学科硕士点56个。在校本科及长学制学生3800余名，研究生2700余名。